La Società Storica Varesina è stata fondata nel 1931 da un gruppo di studiosi locali che hanno voluto continuare l’attività della Società del Museo Patrio operante in Varese fino dal 1871 a cura di Luigi Borri. Primo presidente è stato Giulio Moroni.
Il sodalizio ha dato vita ad un periodico di studi intitolato “Archivio della Società Storica Varesina”, di cui i primi due volumi sono stati pubblicati tra il 1931 e il 1933.
Con la riforma imposta a queste associazioni dalle leggi del 1935, la Società è costretta a sospendere le attività e a confluire, con le associazioni consorelle di Gallarate e di Busto Arsizio, nella Regia Deputazione di Storia Patria per la Lombardia.
In questo periodo l’attività scientifica continua nella rivista “Rassegna Storica del Seprio”, pubblicata a partire dal 1938.
La Società Storica Varesina riprende l’attività nel 1945 con la presidenza di Cornelio Maj.
Del gennaio 1947 è il nuovo statuto e in quegli anni l’attività è sostenuta, tra gli altri, da Mario Bertolone e da Leopoldo Giampaolo che continuano la pubblicazione della “Rassegna” fino al 1950.
Nel 1953, mentre Mario Bertolone da vita al nuovo Centro di studi preistorici ed archeologici di Varese, Leopoldo Giampaolo assume la presidenza della Società Storica Varesina che raccoglie un qualificato numero di soci, e inizia una nuova fase con la pubblicazione della “Rivista della Società Storica Varesina”, il cui primo numero è del luglio dello stesso anno.
Da allora Leopoldo Giampaolo tiene la presidenza fino alla data della sua morte, nel 1983, pubblicando 16 fascicoli della Rivista ed una serie di volumi monografici come supplementi alla rivista, rivolti a diversi argomenti di storia locale.
Vengono pubblicati, tra l’altro, importanti lavori sulla storia di Varese, dall’epoca napoleonica a tutto il Risorgimento, e viene data l’edizione di cronache e memorie ancora inedite di storia cittadina.
Nel 1983, dopo la morte del professor Giampaolo, la società è rifondata, con un nuovo statuto e con la nuova denominazione di “Società Storica Varesina Leopoldo Giampaolo”.
A Leopoldo Giampaolo è subentrato, quale presidente, dal 1981 al 1992 il luinese Piero Astini e poi dal 1995 Giuseppe Armocida, di Ispra, attuale presidente.
La Società prosegue nello scopo di promuovere e raccogliere gli studi di storia di Varese e del suo territorio.
Collabora con gli enti interessati, con le scuole e le associazioni che perseguono gli stessi fini.
Dal 2014 una convenzione con il Comune di Varese consente alla Societa Storica varesina di riunirsi periodicamente presso i Musei Civici di Villa Mirabello.